一つのHDDで無理矢理マルチブートするのが問題の根本
それぞれのOSにそれぞれのHDDを用意して、BIOSなりUEFIなりで起動時に起動ディスクを選ぶ
これは別に起動ディスクの優先順位を変更するのではなく、ワンショットとして選べるはず
Windowsの再インストールの時にはLinuxのHDDを外せば安全
自分がマルチブートしてた頃は、HDDが一つならGRUBはインストーラではPBRを指定してddでファイル化、BCDに登録だったけど今はできないのかね
それとWinとLinuxの共用領域はexFATも選択肢にいれるべきじゃないのか