なんとなく SELinux 絡みっぽいので、 SELinux が enforce モードなら一旦
echo 0 > /sys/fs/selinux/enforce
実行して permissive モードにしてみるのも手かと。

なお、環境変数を比較するなら、/proc/(java のプロセスID)/environ
を保存・比較するのがより確実だと思う。