前に使っていたdebian 8,5.0は問題なかったので、
linux-image-3.16.0-4-amd64_3.16.7-ckt25-2_amd64(jessie 8.4.0)
のカーネルまで戻したら、USBのエラーは出なくなりました。stretchに上げたときから
発生していた、サスペンドに落ちる寸前に一瞬フリーズする現象もなくなりました。
どうもお騒がせしました。kernel 3.16でもdebian 8.6以降だとこのバグが発生するようです。