随分前(確かwheezy前後あたり)の32bit kernelでも2T超えHDD使えてたし
今も大丈夫だと思うけど
その時はUEFIを避けて3TBのHDDのうち先頭2TB分を一つのパーティションに
してMBRにgrub入れてた。今なら普通にGPTパーティション+UEFIで良いと思う

パーティション操作はpartedじゃなくてgpartedやgdiskの方がいいかな