NASの機種スレでお聞きしたところ、NAS固有の問題ではないとのアドバイスを頂いたので、こちらで質問させてください。

環境はUbuntu(16.04)です。
NASをマウントする際、nautilusにおけるGUI「サーバへ接続」から、NASを指定し、ユーザー名、パスを入力する方法だけでは、システム全体から使える状態でマウントされている状態とは言えないのでしょうか？
上記の手順ではnautilusを使ったNAS上のファイルの読み書きや、デスクトップへのD&Dは問題なくできているのですが、
アプリによってはNASが「場所」に表示されなかったり、メニューの「ファイル」から場所の表示はされ、パスを辿れば開けるものの、D&Dが出来なかったりするものがあります。

試しに端末から
sudo mount -t cifs -o username=(以下略)
でやってみたら、うまくいかなかったアプリも問題なく使えてしまったのですが、GUIを使った方法とこの方法では何が違うのでしょうか？