そこら辺はポリシーの違いでしか無いからあなたが管理しやすいのを選べば良い。

/mediaは一般的にはサブとして使う外部メディア用として使う場合が多い。
（DVDとかUSB接続の外部メモリ等）

例で/media使わないのはメインストレージとして使ってる媒体に
領域作ってるからじゃ無いかな。