今はMulti-stage buildが公式実装されて>>219のアイデアを綺麗に実現できるようになったね！
ビルドコンテナのmake install結果をホスト経由せずに実行用コンテナに簡単に乗せられる

ビルドコンテナも実行用コンテナも使い終わればコンテナごとすべて消せるから
--prefix完全無視の無作法野良ツールにホストのファイルが上書きされることもないし
make uninstall非対応でもコンテナ消せば良いだけだからゴミが残ったりもしない