前スレ705の
1) 「設定ーネットワークープロキシ」でその他のサーバ用もチェックする
2) ~/.jd/boards.xml の内容を 2chから5chに置換
3) ~/.jd/以下の hoge.2ch.net を hoge.5ch.net にリネーム
4) 2chproxy.pl の内容を 2ch から [25]chに置換
をして
その後2.8.9-171003にしたんだけど
スレ一覧（実況の奴ね）を更新すると板一覧もbookmark.xmlも2ch.netに戻るけどそのまま支障なく使えるね
という訳でこの場合は何も対策要らないんだな