すまん、別にjdは~/binでもいいんだ
行儀の悪い、あるいはビルド時のコンフィグが下手なソフトは../share/とか../lib/で自分のデータにアクセスすることがあったりするので、
~/.local以下のディレクトリ構成が/usrと同じだと大丈夫なことがある
隠しディレクトリにパス通すのはセキュリティ的に問題がある、という意見もあるから、まあ好みでもいいが

/usr以下にmake installしたりして管轄外のファイルを置いとくと、パッケージの更新で動かなくなることがある
jd1つくらいならいいかもと思っても、忘れた頃にそういう問題が起きて超面倒
さらに他のソフトをmake installしてると、同じ理由で/usr/localでも問題が起きて解決するのが超面倒
「アップグレードかけたら壊れた」系のトラブルの原因になるから、/usr以下は汚さない、パッケージ化させて管理するのが良い

// ディストリはパッケージマネージャで選ぶべき、そして選ぶならArchがいい