とりあえずやったこと
Mint18.2 cinnamon
俺環だからそのまま使えるかどうかはわからない
リポジトリのJDをそのまま使う方法

面倒だから2chproxy.plディレクトリを削除
新しくgit clone https://github.com/yama-natuki/2chproxy.pl.gitで2chproxy.plディレクトリを取得
cd 2chproxy.plで、chmod +x 2chproxy.pl
それから./install.sh
about:configの設定で板一覧を取得するサーバーをhttp://menu.5ch.net/bbsmenu.htmlに
プロキシ設定でその他のサーバーにもチェック
.jdのboards.xmlを編集して２ｃｈを５chに
vi .jd/boards.xml
:%s/2ch/5ch/g
:wq
これでJDそのものは触らずに使えるようになった