ビルドなんて今までしたことなかったから、2chproxy.plの差し替えでごまかしてきたけど、思い切って実行。
バージョンの表示が2.8.9-171003になって起動したから、とりあえず成功したようだ。
情報を書き込んでくれた皆さんに感謝。

自分がやったことまとめ。
Ubuntu16.04LTS(64bit)、ソフトウェアセンターからJDをインストールしただけの状態から開始。
まずシステム設定→ソフトウェアとアップデートと進み、「ソースコード」を対象に入れる。

https://github.com/yama-natuki/JD/tree/test を参考に
sudo apt-get install build-essential automake autoconf-archive git
加えて sudo apt-get build-dep jd も実行
git clone -b test --depth 1 https://github.com/yama-natuki/JD.git jd
cd jd
autoreconf -i
./configure
make
完了したら、「ホーム」にあるjdディレクトリからsrcディレクトリへ進みファイル「jd」をコピー、
「コンピューター」→usr→binに進み、その中に貼り付け。
※最後のファイルjdのコピーと貼り付けは、管理者権限ありで起動したファイラーでやらないとダメかも。
(端末からsudo nautilusで起動。コピーも貼り付けもこの時開いたウインドウで行う)
※bin内にもとからある「jd」を上書きするのは怖いので、予め「_jd」みたいにリネームして
おいた方が無難だと思う。　
これで自分はランチャのJDアイコンから2.8.9-171003になったJDが起動するようになった。
あとは2chproxy.plを差し替えて再起動すればいいはず。