USEフラグ emacs を外したくない場合
mozc本家の修正をuser patchにして適用する手があります
ただそのままでは 2.28.5029.102 系列には当たらないので要修正

user patches
https://wiki.gentoo.org/wiki//;etc/portage/patches

本家の差分
https://github.com/google/mozc/commit/c66515902e1f2ec35c6a1f1adf756e1dfd52f5a6

mozc-2.28.5029.102 向け変更済パッチ (リンク「download」から取得後、拡張子を .patch.txt から .patch に変更)
https://pastebin.com/ejKy3vTC

パッチファイル(拡張子 .patch)をバージョン番号付きのディレクトリ(※)に置いて、あとは普通にemerge

※ディレクトリの例:
/etc/portage/patches/app-i18n/mozc-mozc-2.28.5029.102-r5/
バージョン番号無しでも良いけど将来バージョンが上がって修正されていたらパッチを削除する手間があるので、こういう一時的なバグ回避の場合はこっち(バージョン番号付き)の方がいいかなと