補足：
ランレベル3でインストールしていてターミナル上からviを起動する分には全く問題なし。
viがvimのエイリアスになってるので/bin/viフルパスでviを起動しても結果同じ。
すべてのファイルの編集がNGなのではなくて例えば/etc/fstabとか.bashrcは問題なかった
TeraTermは最新の4.97だけど4.96で試しても症状が同じ。