単純に0x00っていうバイトが特別な意味を持つことが多いからでしょ

0x00がフラグが何もセットされてないことを表してたりとか
0x00で将来用の予約された領域とかバイトの位置を合わせるための詰物を埋めたりとか


一例としてはELFファイルのヘッダの8-15バイト目(先頭を0バイト目として)なんかは未使用で将来用に予約されてて0で埋められるようになってる
適当なELF実行ファイルをバイナリエディタで開いてみると全て先頭から8-15バイト目は0で埋まってるはず
エディタによってはそれを"^@"として表示したりする