まあこれは具体例を言わないと理解できないだろうから説明すると
ある設定項目は、A、CNAME、AAAA、MX、という文字列のいずれかの値を設定できますってことなら
そのチェックをプログラム側でやってるはずなので、設定ファイルにそんなものは不要。

設定ファイルの内容はこれ。現在設定されている値はAで、A、CNAME、AAAA、MXのいずれかを選択できる事がわかる

<select name="type" value="A">
　<option>A</option><option>CNAME</option><option>AAAA</option><option>MX</option>
</select>

繰り返すが「いずれかを選択できる事がわかる」と言ったんだ。この値以外を設定したときのチェックまでするとは言っていない。
だってそうだろう？テキストエディタで変更すればなんでも設定できるんだから、
そんなものを設定ファイルに入れることなんてできやしない。

これは、コメントを発展させたものと考えれば良いんだよ

# type: Select one of A, CNAME, AAAA, MX
type=A

ほら、typeにはBでもCでも好きなものを入れられてしまう。だから値のチェックはプログラム側でやることだしやってるはずだ。

そして英語がわかればどんな内容を設定できるかはわかるが、コメントから設定ツールのインターフェースは作れない
しかし設定ファイル自体がXMLであれば、それを読み取って設定ツールのインターフェースとすることができる。

汎用のXML設定ファイルというのは、テキストエディタで変更可能という特徴も残しながら、
ユーザーに設定しやすいインターフェースを提供する設定ツールを作れるようにするのが目的