普通にアプリケーションの設計を考えた時に、guiのアプリで、設定ツールだけ別の汎用ツール使ってくださいってことでしょ。
使う側も開発する側もめんどくさいよ。どうせアプリのGUIを作るんだから、ついでに作ったほうが楽だよ。
ユーザーフレンドリーでもないし。