>>79
本当に素人考えで申し訳ないです。

http://denki.nara-edu.ac.jp/~yabu/soft/pi2.html
上記のサイトにてSPIについての注意書きで、以下の記述がありましたが、この辺が関連している可能性はありますか？
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（注意！！！！！）
spi.max_speed_hz = 5000 を省略してはいけない。
max_speed_hz = 5000 を怠った場合
/etc/debian_version が 8.0 のラズパイは正しく動く
/etc/debian_version が 9.1 のラズパイは
プログラムは動くが、返ってくる値がおかしい