プログラムフォルダに入ってるなにかって変更することある？
Linuxでもプログラム本体を変更なんてしないだろ。
設定ファイルのことなら/etc/か~/.cofigなんかに入ってるしWindowsよりよほど分かりやすいと思うけど。

Windowsの場合はプログラムフォルダにアプリごとにフォルダ分けされてるから、
Linuxのディレクトリ構成が煩雑にみえるのは確かだと思うけど、
パッケージ管理使ってるとプログラム本体がどうとか意識する必要はほぼないと思うけどね。