testing使いな上に、aptしか使ってないけど、いまxfce4上でsynaptic使ってみたら、
"Debian Software"タブでmainなどに一切チェックを付けられなかった
検索したら昔から似たようなバグがたくさんあるみたいだけど、発生条件もよくわからない

でも258に書いてある2つの方法のどちらでも解決できるからどうでもいいんじゃね？
"Debian Software"が空白状態で、"Other ..."だけで管理することになるだけでしょ