「っぽい」という推測は役に立たないので、実際に起きていることの正確な記述と
環境および再現方法を書いたほうがいいですよ

printerをつなげてあるlinuxマシンがないので、printerなしのまま
testingにsystem-config-printer入れてみたけど
system-config-printerが起動しないのは、依存関係でパッケージが抜けてるだけですね
エラー読めばgir1.2-secret-1が抜けてるのがわかります

「applet.pyが増えていく」というのは、ファイルが増えるのか、前のプロセスがkillされてないのか
わからないですが、うちの環境(lonin managerなし、xfce)ではいずれも再現できなかったです
logoutでXが落ちて、applet.pyを実行しているpython3プロセスもkillされています

killに失敗しているのであれば、.xprofileなどでXでのログイン時にapplet.pyをkillするようにすれば
実用上は問題なくなりませんか？