Linuxのパッケージ管理システムなんて、場当たり的その場凌ぎで作ってきたのに広まっちゃったもんだから今から変えようがないという負の遺産の典型。
良いものだから使われてきたわけじゃない。

バージョン管理がまともにできない「他のアプリに依存する」という思想はすでに破綻してる。
が、直すことも改良することもできないから「あきらめて惰性で使ってるだけ」のが実情。