> /optではProgram files\みたいにプログラム単位で管理するけどなんでこれが推奨されないのか

PATHがクソ長くなるからだよ
PATHだけじゃない。ドキュメントとか、あちこちにバラけてるよりも
一つの決まったディレクトリにある方が、manとかinfoはすぐに検索できるだろ？
C言語用のヘッダファイルだって一箇所にまとまっていたほうが良いし。

つまりは考え方が違うだんよ。
Linuxはそういうパッケージまで含めて一つのシステムでありOSなんだよ
Linuxにはアプリという概念がなかった

WindowsのDLLがsystem32とかにあるのと同じ。
ただしWindowsはOSの構成要素がOSとして機能する必要最小限なものにくらべて、
Linuxはパッケージすべてが構成要素。例えばLibreOfficeなんかも含めて。

だから今後、Linuxはパッケージを減らしていくと思うよ。
そしてアプリはOSのパッケージ管理システムとは別の方法でインストールするようになる