Retroarchに関してはコアの作りが雑だとそうなる
いわゆるマルチプラットフォームのミドルウェアだから

その辺りが最適化されてるのは
mednafenベースのbeetleか、snes9xくらいのものだよ。
それ以外はほぼハードウェアアクセラレーション前提なので、オンボだと死ねる