今、思いついたけど、

Linux 側から、Windows 側には、アクセスできるので、

16.04 から、コピーしたいフォルダー以下を再帰的に、Windows側へコピーして、
そのフォルダー以下のすべてのファイルの改行コードを、LF に変えてから、

18.04 を起動して、Windows側から、
そのフォルダー以下のすべてのファイルを、Ubuntu 側へコピーすると良さそう