>GPIOでは電源から切ることは出来ない

そんな事ぁない、GPIOでボタン検出＞外部タイマー起動(シャットダウン時間＋SDフラッシュ時間＋α)＞シャットダウン開始＞外部タイマーで電源断という外部回路にすりゃええねん。