俺もよく分かってないからあってるか分からんけど
＞Lチカは特定のファイルへ書き込みを行うという仕組みが理解できました
っていうのは
　echo 1 > /sys/class/gpio/gpio18/value
こういうことをSPIで出来るかってことでしょ
ドライバーへのアクセスはread/write、ioctlのシステムコールで行うけど
上記が出来るのはread/writeがドライバに実装されてるときで
SPIなんかはioctlが必要でしょ
もっと言えばドライバーから自分で書けばもっと低レイヤーでアクセス出来る

元の質問のライブラリーを使わずにっていうのが手軽に出来るかって意味なら
そもそもgpioがon/offの単純に制御だから上記のようなやり方が出来るだけ