たいていのターミナルに「システムのクリップボードと連携する」みたいな設定ない?
それを使えば、たとえ端末アプリ側がシステムクリップボードに対応してなくても
OS全体のクリップボードに干渉できる。

(少なくともGNOME Terminal on LinuxとCygwin Terminal on Windowsでは)