>>707
gimpでもいけるけど次ページ取り込みのたびにスキャナを選ぶのが面倒だったような
ページ別180度反転ならgscan2pdf、冊子見開きスキャンならunpaperを使うと
効率上がるんじゃなかったかな　最近使って無いから詳しくないけど

以下自分語り、PDF至上主義なら読み飛ばして:
同じように十数年来　紙媒体資料を電子化してしてるけど
OCRデータと抱き合わせるとき以外は冊子一つにディレクトリ1個作って
jpgかpngで1ページ1ファイルで保存する(PDF化しない)スタイルに落ち着いた
空白ページは取り除かずあえて残す
順序整理のためのファイル名変更と偶数ページ180度回転はpythonかRのスクリプト使用
閲覧はmcomixがお気に入り
このごろはズボラして180度回転も省略して逆さまのまま保存