希望通りか分からんが行列交換のawkスクリプトなら別のスレで拾ったな
#!/usr/bin/awk -f
## 行列の入れ替え
{
for(i=1;i<=NF;i++) a[NR,i]=$i
}
END{
for(j=1;j<=NF;j++) {
str=a[1,j]
for(i=2;i<=NR;i++) str=str" "a[i,j]
print str
}
}

$ cat foo.txt
1 2 3
a b c

$ transpose.awk foo.txt
1 a
2 b
3 c