電車の例えがわかりやすいですね
東京発新大阪行の新幹線でたとえると、計算プログラムは、A,B,C席を座るように設定されて電車は発車します
しかし、最初はA席のみ座っていて、B,C席は新横浜から座る予定となっています。そして、依然D,E席は空いています。
そして品川で他の乗客が入ってきます。で、C席が空いてるなと認識して、C席に座ってしまうわけです。
その後新横浜でB,C席に座ろうと計算プログラムが入ってきて、そのまま座ってしまい、2人重ねの席が誕生してしまいます。D,E席は空いてますが、一旦座ってしまったら席を移ることはできずそのまま新大阪まで我慢することになります。
こんな状況になることがあるわけです。

ここで思われるのは、新横浜で入ってきた計算プログラムの方がD,E席に座ればいいという点と、予約としてB,C席を誰もいないのに確保したら、ほかの人の迷惑にならないのかという点です。

前者は、プログラムの技術的な問題です。ここで言っているプログラムは、
市販プログラムA(マシン間の並列化に対応)と、
市販プログラムB(マシン間の並列に非対応)を交互に実行させながら、データの収集と計算を行う独自プログラムC(実際はAを改造と増築して出来たもの)で、
CはMPIによる並列化に対応しています。問題はCが使用するマシンはCの起動時に指定してやる必要があり、一旦プログラムが作動するとマシンの変更は出来ないことです。
出来るように改造しろという意見はその通りですが、結構非現実的です(市販プログラムを先代が改造を重ねてできあがっているものなので・改造にかかる時間・バグ混入の恐れ)。

後者は、公共交通機関ならたしかにそうですが、研究室内の閉じた中の話で、基本的にマシンが全部埋まって順番待ちになるような事態は起きないです。
またそうだとしても、新幹線の例えに戻ると、B,C席は東京〜新横浜間は空いてこそいますが、新横浜〜新大阪間は座ることが確定しているわけです。そして他の座席はガラガラです。