DOSエクステンダはリアルモードとプロテクトモードの遷移の管理やプロテクトメモリの管理を行う
仮想マシンマネージャは仮想86モードの管理とプロテクトメモリの管理やCPUの割り当てを行う

この2つは機能がかぶるのでそのままで共存できない
実際Windows/386ではDOSエクステンダでは動作しない

これを改善してDOSエクステンダと仮想マシンマネージャの両方を統合したのがWindows 3.0のエンハンスモード

WIN.COMから仮想マシンマネージャのWIN386.EXEが呼び出されSystem VMやDOS VMが作られる

仮想DOSマシンであるDOS VMは通常は仮想86モードだがDPMIを利用して16bitプロテクトモードでも32bit
プロテクトモードでも動作するようになった

スタンダードモードで16bitプロテクトモードDOSエクステンダプログラムとしてWindowsを動作させているのと
同様に、Windowsを仮想DOSマシン上でDPMIを利用して16bitプロテクトモードで動かしているのがWindows
3.0のエンハンスモードのSystem VMに当たる

同様にWindows 9xではWIN.COMが呼び出す仮想マシンマネージャのVMM32.vxdが作成するSystem VMは
仮想DOSマシン上で動作する32bitプロテクトモードDOSエクステンダプログラム

またWikipediaを貼ると消されるかもしれないけどw
Windows 9xの構造のもう一つのポイントがこちら

ttps://ja.wikipedia.org/wiki/DOS%E3%82%A8%E3%82%AF%E3%82%B9%E3%83%86%E3%83%B3%E3%83%80
Windowsの、Microsoft Windows 3.x以前のもの及びMicrosoft Windows 9x系も、技術的にはDOSから起動され
プロテクトモードで稼働する、DOSエクステンダの一種、ないし、一体化しているDOSエクステンダ上で稼働する
デスクトップ環境と言える。