SSDを2個とか装着した事がないから何とも言えないねー
俺環ってのだとさらにその人にしかでないけど
コンフィグファイルを書き換えれば何とかなるような気もしないではない

Windowsがブートローダーを消すのは一回しかやられたことはないけど
何時またやらないとも限らないね、そんな時はインストール媒体から再度
ブートローダーを入れればいいからあまり気にしなくて良いような・・・

もうやってるだろうけど、WindowsのファストブートとBIOSの同種の機能は
無効にしておいたほうが良いよ
あとセキュアブートも無効にしておいた方が良いと思う