WindowsにGIMP入れてディレクトリ内除けばわかるだろうに
UNIX系での bin lib var etc の類のディレクトリ構成を未だに引きずってる上に
Windowsで一般的なAPIやDLLの代わりに起動時にLinux独自の共有ライブラリの移植版のDLLを
片っ端から読み込んでるから起動が遅いだけ

起動した後はマルチCPUでの描画ができるWindowsの方が速い