Linuxのファイルシステムはどれも一長一短で決め手にかける。「用途とか関係ない、これにしておけばまずOK」ってのがない。
ext4は大容量ドライブでfsckが遅く昨今の大容量なディスクドライブに作成するには向かない、
xfsはfsckは大容量ドライブでも問題ないが縮小ができないしメモリも食う、
btrfsはfsck不要、CoWなど「モダンなファイルシステム」とされるが、比較的新しいファイルシステムでやや心配がある、枯れていない、遅い。最近はまともになってきているが。
ZFSはライセンスの問題・・・

一方、選択肢が多いのは良いこととも言える。他のOSだって問題はいろいろあるし、OS、FSともに完全無欠のものはないけどね。