SKKは入力方法が特殊だから普及は難しいんじゃないかな。
自分はそもそも変態キーバインドのemacs使いなので、SKKでも平気だけれど。

あと、SKKはミス入力がそのまま残りやすいので、
見直しの手間まで含めるとATOKを使いがちです自分は。