nixはbrewやyum, apt-getみたいなのじゃないぞ
nixはパッケージマネージャーの皮を被ったビルドツールだ
ビルド結果をS3に保存できるのはバイナリキャッシュ機能のおかげ

ビルド時のフラグや依存関係などを利用して生成したユニークIDを自動的にパッケージに付ける
少しでも設定変えればIDも変わる

パッケージはみんな/nix/storeの下に入る
/usrを直接変えるような事はしない
使う時は各パッケージの/binにsymlinkをはる