>>305
それを一つのdotfilesフォルダで管理する必要はないのでは?WindowsとWSL側で分けて管理してなんの不都合があるの?

あとwindowsからWSLのsymlinkが作れないってどこ情報?ローカル⇄リモート両方できるけど?

milink /d dotfiles \\wsl$\Ubuntu\home\username\dotfiles

これでいけるのでは?