~$ cd ~/a/ && pwd
/home/ユーザー名/a

~/a$ (次のプロンプト)

次のプロンプトの表示が遅れて見えるだけ。
次のプロンプトは、すべてのコマンドが実行されてから、表示されるから

一方、コマンドは1つずつ処理される

cd ~/a/
で、移動する

そして、その後のpwd では、移動後の~/a を表示する