そもそも Ctrl+Alt+BackSpace でXを落とすのはxorgのデフォルトでは無効のはず
どこかで誰かが有効にしているのだと思う

それを ServerFlags の DontZap 設定で「無効」にしても
Ctrl+Alt+BackSpace 押下で発行されるキーシム自体は Terminate_Server のままで
アプリケーションはそれを有効なキーとして認識できない
なのでショートカットキー設定で押下しても「"Ctrl+Alt+..." と表示される」し
kglobalshortcutsrc を直接書き換えても駄目

…ということじゃないかなと