>>662
再起動してみてそのあと
# journalctl | grep systemd | less
でシャットダウン時刻付近のログにエラーメッセージ出ないだろうか…？

だいぶ前の経験だけど、自分のケースではNICが不安定だったとき
シャットダウン時にネットワークの物理リンクが
落ちてたら、同じように90秒シャットダウンを待たされた
LAN端子のコネクタを挿し直してリンクアップすると
直ぐにシャットダウンしてくれた
結局はNIC(カニさん)のドライバをデフォルトのr8169を
プロプラDKMS版のr8168-dkms(だったか)に入れ替えたら
直ったんだった記憶