systemdのマネージャーはシステム全体のものと各ユーザー毎の2つあるからそこちゃんと分けて考えたほうが良いよ
(後者の各ユーザー毎のマネージャー自身は前者のシステム全体のマネージャーの1サービスとして管理される)

>>654の/etc/systemd/system.conf内のDefaultTimeoutStopSecは前者のシステム全体のマネージャーがシステムのサービス等を終了する時のタイムアウトの初期値
>>656の/etc/systemd/user.conf内のDefaultTimeoutStopSecは後者の各ユーザー毎のマネージャーがユーザーのサービス等を終了する時のタイムアウトの初期値
>>660の各サービスごとのTimeoutStopSecが指定されてればそれが初期値よりも優先されて使われる

>>671の$ sudo systemctl list-unitsの一覧は前者のシステム全体のマネージャーのユニット一覧
>>678の# journalctl | grep systemd | lessも同様に前者のシステム全体のマネージャーのユニットのログ


んでお前さんの貼ってる｢A stop job is running for User Manager for UID 1000｣ってのは文字通りidが1000のユーザー用のマネージャ自身の終了時に処理が帰ってこなくて(それを管理してるシステム全体のマネージャが)タイムアウトまで待ってるって状況


長々と書いたけど例えばuidが1000ならそのユーザーでログインして
journalctl -u [email protected]
でそのタイムアウトしてるサービス(=uid1000のユーザー用のマネージャ)自身のログと
journalctl --user
でそのタイムアウトしてるサービス(=uid1000のユーザー用のマネージャ)が管理してるユーザーのサービスのログ
を見てみるとなんか分かるかもしれないし分からないかもしれない