/etcに設定ファイル置くソフトで、ナントカ.confとナントカ.d/にある設定を読むようなのあるじゃないですか
bashのprofileとかApache httpd、Samba、Xとかで

ああいうソフトで、今どういう設定ファイルで動いているかを調べる方法ってありますか

自力で関係するファイルを連結するのかな
でもXML形式みたいなファイルって、コメント処理とか厄介そうで、実績あるツールとかないかなと思ってるのですが