真面目にやるならウェブUIの管理ツールを作る(adminerやphpmyadminの自作アプリ版みたいな感じ)
雑に運用するならコマンドラインツール作ってMakefileでラッピングするんでいいと思う
composeでイメージと環境変数を定義、Makefileでコマンドを定義

.env
docker-compose.yml
docker-compose.tasks.yml
Makefile

up:
　@docker-compose -f docker-compose.yml up -d

backup:
　@docker-compose -f docker-compose.yml -f docker-compose.tasks.yml run --rm -it myappadmintools backup --param1 foo