linuxでpostfixやsambaのサーバーを構築しようとしているのですが、それぞれをDockerコンテナで構築して、
あえてlinuxの環境には直接インストールしないようにするかDockerで動かすか迷っています。

postfixやsambaのような環境を構築するのにDocker環境にするのはやめた方がいい、などデメリットはありますか？

Dockerにすることを悩んでいるのは将来サーバーをリプレイスする時にコンテナを移動するだけで移行完了できるから楽になるのかな、という考えからです。