基本的に、Dockerfileを保持する方向でいいと思うけど、
Dockerfileの書いた内容が恒久的に使えなくなる可能性がありえるので、
少なくとも自分のレジストリを用意して、イメージのバージョンを保持するとか、
tarballなりraw imageなりに吐き出しておくといいと思うけどね

ここらへんのイメージのバックアップは、VMwareとかKVMとかでも結局同じだけどな