Win10のWSLgで右Shiftキーが反応しない問題を修正したWSLのプレリリース(v1.1.5)が来ていたので、日本語キーボードを認識しない問題も一緒に解決しているか試してみた。今日付でv1.1.6が出ていたので、検証は1.1.6で行っています。
https://github.com/microsoft/WSL/releases/1.1.5

先に結論からいうと、解決しているようです。これまでは何をしてもUSキーボードとして認識していたWin10環境でも、正しくJPとして認識するようになっています。
ただし、これはMS IME(新旧問わず)を使っている場合の話。ATOKを使用しているときは変わらずUSとして認識します。途中でMS IMEに切り替えれば正しく認識するので、WSLgを使うならMS IMEで使う必要がありそう。