まあユーザ側で工夫をすれば済む話で、例えばCygwin(MSYS) で雑にやるなら
cygwin$ cd “$(cygpath -uf /dev/clipboard)”
で行ける（少し危険だけど）

Windows標準ではクリップボードを標準出力するコマンドが無いけど、
仮に pasteclip.exe (win32) なんてのがあるとしたら、同様に
wsl$ cd “$(wslpath -u “$(pasteclip.exe)”)”
＃もう少しまともなシェル関数なりスクリプトを書いた方が良いけど