>>363
自己解決しました
Windowsのlnkファイルは、ファイルなので、ファイルの関連付けはLinuxデスクトップシステムによって行われる。ファイマネージャーの仕事ではなかった。

lnkファイルは、それを解析できるスクリプト（lnkはバイナリで、そこからファイルパスを抽出するパッケージがある）の引数に指定して、適当なファイルマネージャーでオープンすれば済む話だというわけです。