何言ってるのかいまいち良く分からんけど、ホントにラズパイの電源？
セルフパワーハブに繋いでるなら、仮に電源の問題ならUSBハブ側のACアダプタの問題じゃないの？

なんとなくUSBハブのチップが糞で、負荷がかかったら落ちるとかじゃないかって気がするが
そのUSBハブとHDDをWindowsPCにでも繋いで、クイックじゃないフルフォーマットでもしてみたら良い