パッケージ依存性管理というよりも
実行環境やライブラリの衝突や選択に近いのでは

Cコンパイラでも
ネイティブ用 amd64と
ターゲット用 armとか使い分けたり
gccとintel謹製とを使い分けたり

LD_LIBRARY_PATH とかの環境変数で使い分けたことがある

pythonはまだそこまで複雑に使ってないからわからんけど